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Die Bandbreite der Musik von System of a Down reicht von Nu Metal, Heavy Metal, Thrash Metal, Grunge, Progressive Metal, Psychedelic Rock über Metalcore, Punkrock und Hardcore-Punk bis hin zu armenischer Folklore. Aufgrund dieser Vielseitigkeit wird der Stil oftmals schlicht als Alternative Metal bezeichnet. Ein weiteres Merkmal der Band, deren Mitglieder armenischer Abstammung sind, ist die politische Aussage ihrer mehrdeutigen Liedtexte: So kritisieren System of a Down des Öfteren die zeitgenössische amerikanische Politik und die Massenmedien. Zudem machen sie in einigen Liedern auf den Völkermord an den Armeniern aufmerksam.
Eine weitere Rolle in der Musik der Band spielt der Humor. Deutlich wird dies bei Liedern wie „This Cocaine Makes Me Feel Like I'm On This Song“ oder „Vicinity Of Obscenity“, die durch einen weitgehend sinnlosen Text und ungewöhnliche musikalische Gestaltung bestimmt sind. Auch ihre Herkunft beeinflusst die Melodien ihrer Stücke: Spuren von armenischer Volksmusik findet man unter anderem in dem Lied „Radio/Video“.
Charakteristisch für System of a Down sind neben dem Wechselgesang des Frontsängers Tankian und des Gitarristen Malakian auch die harten Übergänge von aggressiven und lauten Gitarren- und Schlagzeugparts zu eher sanften Passagen, in denen die stimmliche Klasse Tankians besser zum Ausdruck kommt.
Es ist bekannt, dass der Bandname „System of a Down“ sich von einem Gedicht Malakians namens „Victims of A Down“ ableitet. Dieses findet sich auf der Rückseite ihres ersten Albums „System of a Down“.
